مختار آلبوشوکه در خانه‌اش در خلف‌آباد ِ استان خوزستان بازداشت شد. او در آستانه‌ی سالگرد اعتراض‌های مردم عرب اهواز در سال ۲۰۰۵ دستگیر شد. دلیل دستگیری او ارتباط با فعالیت‌های فعالان عرب ایرانی در اهواز است هر چند هنگام دستگیری تفهیم اتهام نشد.
مختار در دادگاهی که کمتر از ۵ دقیقه طول کشید به اتهام «محاربه با خد و فساد فی‌الارض» از طریق اقدام علیه امنیت ملی و تبلیغ علیه نظام به اعدام محکوم شد. حکم اعدام وی در دیوان عالی کشور به ابد تقلیل یافت. سازمان عفو بین‌الملل در سال ۲۰۱۳ نسبت به اعدام مختار آلبوشوکه و چهار نفر دیگر که با او دستگیر شده بود از جمله برادر بزرگتر مختار به نام جابر آلبوشوکه هشدار داد. خانواده آلبوشوکه در پیش از این اعلام کرده بودند که فرزند آن‌ها جابر در زندان ۱۰ کیلوگرم وزن کم کرده است و برادر وی مختار نیز دچار افسردگی و بیماری فراموشی شده است. سازمان عفو بین‌الملل از عدم محاکمه‌ی این‌ها به علاوه اعمال شکنجه علیه‌شان ابراز نگرانی کرده بود. برای آشنایی بیشتر با این زندانی سیاسی به دیتابیس زندانی مراجعه کنید: http://bit.ly/1BrpcDr